Marka DNA yang Dapat Digunakan untuk Konstruksi Peta Genetik dari Genom Jarak Pagar
| Main Authors: | Satyawan, Dani; Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development (ICABIOGRAD), Tasma, I Made; Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development (ICABIOGRAD) |
|---|---|
| Other Authors: | Ahmad Warsun, Ahmad Dadang, Fajar Suryawan, ICABIOGRAD, Project number SP 3209.0/018-09.0/XII/2007 |
| Format: | Article info application/pdf eJournal |
| Bahasa: | eng |
| Terbitan: |
Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan
, 2011
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/bultri/article/view/6294 http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/bultri/article/view/6294/5532 |
| ctrlnum |
article-6294 |
|---|---|
| fullrecord |
<?xml version="1.0"?>
<dc schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc.xsd"><title lang="id-ID">Marka DNA yang Dapat Digunakan untuk Konstruksi Peta Genetik dari Genom Jarak Pagar</title><title lang="en-US">Markers of DNA Applicable for Genetic Mapping of Physic Nut Genome</title><creator>Satyawan, Dani; Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development (ICABIOGRAD)</creator><creator>Tasma, I Made; Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development (ICABIOGRAD)</creator><subject lang="id-ID">Marka DNA; analisis genetik; jarak pagar; genom</subject><subject lang="en-US">DNA marker; genetic mapping; Jatropha curcas; genome</subject><description lang="id-ID">Jarak pagar merupakan tanaman penghasil minyak nabati yang dapat digunakan sebagai pencampur atau pengganti bahan bakar minyak berbasis fosil. Siklus hidup tanaman ini relatif panjang sehingga diperlukan terobosan teknologi baru untuk mempercepat program pemuliaannya. Tujuan dari penelitian ini untuk mempelajari aplikasi teknologi marka DNA yang dapat digunakan untuk memetakan genom jarak pagar yang nantinya dapat digunakan untuk melabel karakter agronomi penting tanaman ini.  Marka DNA yang diuji pada penelitian ini termasuk Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP), Target Region Amplification Polymorphism (TRAP), dan Sequence Related Amplification Polymorphism (SRAP).  Penelitian  diawali dengan upaya pencarian metode isolasi DNA yang tepat untuk jarak pagar.  Hasil penelitian awal dalam mencari  marka DNA yang cocok untuk tanaman ini telah menghasilkan 43 pita RAPD polimorfik yang selain dapat digunakan sebagai sidik jari DNA juga dapat dimanfaatkan untuk membuat peta genetik. Namun jumlah marka yang diperoleh masih jauh dari target minimal yaitu 250 marka DNA polimorfik untuk kegiatan pemetaan genetik. Kekurangan jumlah marka dapat dilengkapi  dengan marka-marka lain dari metode AFLP, TRAP, dan SRAP yang sejauh ini terlihat lebih polimorfik dari RAPD.</description><description lang="en-US">Jatropha (Jatropha curcas) is an oil producing crop that can be used as supplements or substitutes of diesel fuel to replace fosil-based energy. This crop has a relatively long life cycle, and therefore, a new alternative breeding method is necessary to expedate breeding program. The purpose of this study was to find out DNA marker technologies that can be used to map the genome of jatropha, and  later can be used to label the important agronomic characters of this plant. DNA markers tested in this study included Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP), Target Region Amplification Polymorphism (TRAP), and Sequence Related Amplification Polymorphism (SRAP). Studies were initiated by finding the best method for isolating jatropha genomic DNA. Initial studies to obtain molecular markers applicable for this crop resulted in a total of 43 polymorphic RAPD bands that can be used for DNA fingerprinting studies as well as be useful for genetic mapping purposes. However, the number of markers available was extremely lower than the minimum target of at least 250 polymorphic markers necessary for a minimum coverage of the jatropha genome.  The remaining markers can be obtained from other marker methods such as AFLP, TRAP, and SRAP and based on this study the latter types of markers demonstrated more polymorphism level than that of RAPD.</description><publisher lang="en-US">Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan</publisher><contributor lang="id-ID">Ahmad Warsun</contributor><contributor lang="id-ID">Ahmad Dadang</contributor><contributor lang="id-ID">Fajar Suryawan</contributor><contributor lang="id-ID">ICABIOGRAD, Project number SP 3209.0/018-09.0/XII/2007</contributor><contributor lang="en-US">Ahmad Warsun</contributor><contributor lang="en-US">Ahmad Dadang</contributor><contributor lang="en-US">Fajar Suryawan</contributor><contributor lang="en-US">ICABIOGRAD, Project number SP 3209.0/018-09.0/XII/2007</contributor><date>2011-11-30</date><type>Journal:Article</type><type>Other:info:eu-repo/semantics/publishedVersion</type><type>Other:</type><type>File:application/pdf</type><identifier>http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/bultri/article/view/6294</identifier><source lang="en-US">Jurnal Tanaman Industri dan Penyegar; Vol 2, No 3 (2011): Buletin Riset Tanaman Rempah dan Aneka Tanaman Industri; 411-419</source><source lang="id-ID">Jurnal Tanaman Industri dan Penyegar; Vol 2, No 3 (2011): Buletin Riset Tanaman Rempah dan Aneka Tanaman Industri; 411-419</source><source>2528-7222</source><source>2356-1297</source><language>eng</language><relation>http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/bultri/article/view/6294/5532</relation><rights lang="en-US">Copyright (c) 2011 Buletin Riset Tanaman Rempah dan Aneka Tanaman Industri</rights><rights lang="en-US">http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0</rights><recordID>article-6294</recordID></dc>
|
| language |
eng |
| format |
Journal:Article Journal Other:info:eu-repo/semantics/publishedVersion Other Other: File:application/pdf File Journal:eJournal |
| author |
Satyawan, Dani; Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development (ICABIOGRAD) Tasma, I Made; Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development (ICABIOGRAD) |
| author2 |
Ahmad Warsun Ahmad Dadang Fajar Suryawan ICABIOGRAD, Project number SP 3209.0/018-09.0/XII/2007 |
| title |
Marka DNA yang Dapat Digunakan untuk Konstruksi Peta Genetik dari Genom Jarak Pagar |
| publisher |
Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan |
| publishDate |
2011 |
| topic |
Marka DNA analisis genetik jarak pagar genom DNA marker genetic mapping Jatropha curcas genome |
| url |
http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/bultri/article/view/6294 http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/bultri/article/view/6294/5532 |
| contents |
Jarak pagar merupakan tanaman penghasil minyak nabati yang dapat digunakan sebagai pencampur atau pengganti bahan bakar minyak berbasis fosil. Siklus hidup tanaman ini relatif panjang sehingga diperlukan terobosan teknologi baru untuk mempercepat program pemuliaannya. Tujuan dari penelitian ini untuk mempelajari aplikasi teknologi marka DNA yang dapat digunakan untuk memetakan genom jarak pagar yang nantinya dapat digunakan untuk melabel karakter agronomi penting tanaman ini. Marka DNA yang diuji pada penelitian ini termasuk Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP), Target Region Amplification Polymorphism (TRAP), dan Sequence Related Amplification Polymorphism (SRAP). Penelitian diawali dengan upaya pencarian metode isolasi DNA yang tepat untuk jarak pagar. Hasil penelitian awal dalam mencari marka DNA yang cocok untuk tanaman ini telah menghasilkan 43 pita RAPD polimorfik yang selain dapat digunakan sebagai sidik jari DNA juga dapat dimanfaatkan untuk membuat peta genetik. Namun jumlah marka yang diperoleh masih jauh dari target minimal yaitu 250 marka DNA polimorfik untuk kegiatan pemetaan genetik. Kekurangan jumlah marka dapat dilengkapi dengan marka-marka lain dari metode AFLP, TRAP, dan SRAP yang sejauh ini terlihat lebih polimorfik dari RAPD. Jatropha (Jatropha curcas) is an oil producing crop that can be used as supplements or substitutes of diesel fuel to replace fosil-based energy. This crop has a relatively long life cycle, and therefore, a new alternative breeding method is necessary to expedate breeding program. The purpose of this study was to find out DNA marker technologies that can be used to map the genome of jatropha, and later can be used to label the important agronomic characters of this plant. DNA markers tested in this study included Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP), Target Region Amplification Polymorphism (TRAP), and Sequence Related Amplification Polymorphism (SRAP). Studies were initiated by finding the best method for isolating jatropha genomic DNA. Initial studies to obtain molecular markers applicable for this crop resulted in a total of 43 polymorphic RAPD bands that can be used for DNA fingerprinting studies as well as be useful for genetic mapping purposes. However, the number of markers available was extremely lower than the minimum target of at least 250 polymorphic markers necessary for a minimum coverage of the jatropha genome. The remaining markers can be obtained from other marker methods such as AFLP, TRAP, and SRAP and based on this study the latter types of markers demonstrated more polymorphism level than that of RAPD. |
| id |
IOS563.article-6294 |
| institution |
Kementrian Pertanian |
| institution_id |
72 |
| institution_type |
library:special library |
| library |
Perpustakaan Kementrian Pertanian |
| library_id |
123 |
| collection |
Jurnal Tanaman Industri dan Penyegar |
| repository_id |
563 |
| subject_area |
Rekayasa |
| city |
JAKARTA SELATAN |
| province |
DKI JAKARTA |
| repoId |
IOS563 |
| first_indexed |
2017-05-31T03:35:47Z |
| last_indexed |
2017-05-31T03:35:53Z |
| recordtype |
dc |
| merged_child_boolean |
1 |
| _version_ |
1722473680947118080 |
| score |
17.205023 |