Konstruksi dan Validasi Protokol Skrining Virtual Berbasis Struktur dengan Kode PDB 3MQE, 3NTG, dan 3LN0 untuk Penemuan Inhibitor Siklooksigenase-2 (COX-2)
| Main Author: | Esti Mumpuni |
|---|---|
| Format: | Journal |
| Terbitan: |
Fakultas Farmasi Universitas Pancasila
|
| Subjects: |
Daftar Isi:
- Seiring dengan tingginya penggunaan obat inhibitor COX-2 di pasaran serta efek samping yang ditimbulkan oleh obat-obat yang beredar saat ini maka penemuan obat inhibitor COX-2 baru dibutuhkan untuk mencari obat yang selektif terhadap COX-2 dan memberikan efek samping yang minimal. Salah satu metode yang efektif dan efisien untuk penemuan obat baru yaitu in silico. Telah dilakukan penelitian konstruksi dan validasi protokol skrining virtual berbasis struktur dengan kode protein PDB 3NTG, 3MQE dan 3LN0 menggunakan perangkat lunak PLANTS, SPORES, BKChem dan Open Babel untuk penemuan inhibitor COX-2 baru. Dalam penelitian ini digunakan dataset ligan-ligan aktif COX-2 dan pengecohnya (decoy) dari The directory of useful decoys (DUD) untuk validasi retrospektif protokol, yang terdiri dari 426 inhibitor COX-2 dan 13289 decoy. Berdasarkan kriteria nilai EF20% dan EFmax dalam artikel Huang et al (2006) dan Yuniarti et al (2011) dihasilkan dua protokol menunjukkan hasil yang sangat baik dan baik yaitu protokol tervalidasi AYO_COX2_v.1.1 dan AYO_COX2_v.1.2